2004年，三大航空公司重组后，航班号的编制和使用方法混乱，时有航班号数字重复现象，导致陆空通话中出现误听问题。中国民航局重新制定了航班号分配和使用方案，计划2004年10月底的秋冬季航班换季时执行。
同年，中国民用航空局《关于印发《中国民航航班号分配和使用方案》的通知》，各航空公司编制新的航班号要遵循以下原则：
一、按照数字的顺序编制航班号。
二、编制国内航班号时，不得使用其它公司的航班号。
三、编制国际和地区航班号时，原则上按3位数字安排，如果3位数字不够时，可以使用分配给本公司的4位数字航班号，但不能与本公司国内的航班号重复。
四、在编制加班、包机等临时飞行航班号时，应在分配给本公司航班号的数字范围内编排，但不得与当天的定期航班航班号重复。
此轮调整后，国内航班号使用4位数字，国际(含港澳)航班号使用3位数字。国航、南航、东航和海航原使用的航班号调整不大，主要是在一些地方航空公司航班号中调整(调整后的国内航班号国航为“1”、“4”字头；东航为“2”和“5”字头；南航为“3”和“6”字头；海航为“7”字头；厦航和川航为“8”字头；上航和深航为“9”字头)。
规律
时至今日，随着新兴航空公司和航班越来越多，很多航班号无法套用原来的规律了。虽说航班号不再有严格规律了，但也并非“无迹可寻”。
1）单双数结尾规律仍然不变
唯一保持不变的，是出基地的结尾单数，回基地的结尾双数这一规律。比如中国国际航空公司基地在北京，国航北京飞广州的航班号是CA1301的话，那么从广州飞回北京时航班号就是CA1302，而南方航空公司基地在广州，南航广州飞北京的航班号是CZ3101的话，回程就变更为CZ3102了。
2）“数字——地区”对应有迹可循
除此之外，根据“飞常准”提供的最新统计数据，在概率上，航班号的前两位数字仍与航空公司的基地位置、终点位置有一定的相关性。从航班第一、第二位数字的统计数据来看，这个“数字——地区”的规律特别对国航、南航、东航来说，仍然有迹可循。比如国航（CA）的航班号第一位为“1”、“4”、“8”、“9”。使用“1”（即原来代表的华北基地）这个开头的航班最多，占63%。南航（CZ）的航班，“3”（即原来代表的华南基地）字最多，占53%。东航（MU）的航班，“5”（华东）字头最多，占53%。。第二位数特别字为“5”的航班，飞往华东的占多数。第二位数字为“1”的航班，飞往华北的比例最高。
航空公司与航班号第1位数字对应关系
航空公司及其两字代码-国内航班号第一位数字
3U 四川航空-8
8L 祥鹏航空-9
9C 春秋航空-8
BK 奥凯航空-2
CA 国航-1、4、8、9
CN 大新华航空-7
CZ 南方航空-2、3、4、6
EU 成都航空-2、6
FM 上海航空-9
G5 华夏航空-2
GS 天津航空-6、7
HO 吉祥航空-1
HU 海南航空-7
JD 首都航空-5
JR 幸福航空-1
KN 中联航-2、5
KY 昆明航空-8
MF 厦门航空-8
MU 东方航空-2、5、7、9
NS 河北航空-3
OQ 重庆航空-2
PN 西部航空-6
SC 山东航空-4、1
TV 西藏航空-9
ZH 深圳航空-9、3
航班号第1位数字与地域关系对照表
航班号第1位数字-对应占比例最大的地域
1-华北（37%）
2-华东（24%）
3-中南（50%）
4-华东（38%）
5-华东（33%）
6-中南（22%）
7-中南（26%）
8-华东（36%）
9-华东（32%）
3）航班号后加字母为补班航班
如果航班因为天气、机械故障等原因延误、备降、取消，需要补班飞行，为区分原航班和补班航班，航空公司会在航班号后面加个字母，如CZ310W。具体规则是，Z代表0，Y代表1，X代表2，以此类推：“0-Z1-Y2-X3-W4-V5-U6-T7-S8-R9-Q”。
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