黄豆芽比黄豆营养价值高，绿豆芽比绿豆营养价值高。黄豆芽比起黄豆，黄豆芽的蛋白质利用率比黄豆高10%左右，维生素A可增加1-2倍，维生素B2增加2-4倍，维生素B12是黄豆的10倍，维生素E是黄豆的2倍。而绿豆发芽期虽然蛋白质总量有所降低，但蛋白质分解为氨基酸，使氨基酸种类增多，且组成比较合理，适合于人体吸收利用，从而大大得提高了营养价值。除此之外，黄豆和绿豆均在发芽后大幅提升了维生素C的含量。
在所有豆芽中，黄豆芽的营养价值最高。黄豆芽在发芽过程中，由于酶的作用，钙、磷、铁、锌等矿物质元素更多地被释放出来。中医认为，绿豆芽性凉、味甘，不仅能清暑热、通经脉、解诸毒，还能补肾、利尿、消肿、滋阴、壮阳，调五脏、美肌肤、利湿热。
豆芽储存和烹制有讲究自制豆芽虽好，但也伴随着一些食品安全问题。
在豆芽菜的生长过程中，由于适宜的环境因素、温度和营养条件，如未及时换水豆芽菜中的微生物可能会从低污染水平增值到高污染水平。如果豆芽没有做熟就吃，或者生吃了豆芽菜，很容易食物中毒。而如果豆芽菜存储时间过长，会出现微生物大量繁殖并分泌代谢产物的现象，此时误食豆芽菜会中毒。
保存不超过2天。发好的豆芽需在避光、低温条件下保存。可将豆芽择洗干净，控干水分后放入保鲜袋中，尽量排尽空气后密封，放入冰箱内冷藏保存，一般不要超过2天。如果没有冰箱，也可用干净的水浸泡，避光保存，并尽快食用。
千万不要生吃豆芽。食用豆芽一定要做熟，切忌生吃。豆芽变绿或长出小叶，不是产生了毒素，可以放心食用，但其口感会变差。如果出现腐烂、变质，则不可食用。
除此之外，豆芽菜是寒凉的食物，吃多了容易损伤胃气，且含粗纤维，容易加快肠蠕动而引起腹泻。因此，患有慢性肠炎、慢性胃炎及消化不良的病人应适量食用。
生豆芽的步骤和注意事项以生黄豆芽为例，主要包括准备工作和日常管理。
准备工作，大约需10小时。需要两大把黄豆、育苗盘（可用盘子、盆等有一定高度的容器）、育苗纸（可选用无纺布、杜邦纸、厚餐巾纸、厚厨房纸或纱布等）。将黄豆均匀铺满育苗盘，仔细选豆，要将有虫眼、黑色、颗粒不饱满的挑选出来扔掉。
黄豆冲洗一遍，放入干净无油的广口瓶容器中，水加至黄豆以上8-10公分左右，浸泡10小时左右。此时豆子已经涨大了很多，马上用流动水冲洗干净，扔掉杂豆。将育苗盘清洗干净，放入一张浸湿水的育苗纸，再将干净的黄豆均匀地铺满。
日常管理，大约3-5天。黄豆发芽适宜温度在25℃左右。超过30℃容易导致黄豆腐败，影响出芽；浇水是最为重要的环节，要随时保持湿润，但水又不能太多，育苗盘底不能留水（底盘可以适当扎洞或者用漏水的底盘较好），否则可能会烂根。定时浇水，水温不要高，浇水要浇透，不留死角，以防止红根、烂根；黄豆必须避光育苗，喷好水后，育苗盘上要盖一层不透光的湿润的纱布（或有良好吸水能力的替代物）。
保持上述操作，一般到第二天晚上就能发出细细的嫩芽来了。
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